ซากาเอะมีการปกครองรูปแบบสภา–นายกเทศมนตรี โดยมีนายกเทศมนตรีที่มาจากการเลือกตั้งโดยตรง และมีสภาประเภทสภาเดี่ยวที่มีสมาชิกจำนวน 14 คน เมืองซากาเอะและนครอินไซที่อยู่ติดกันประกอบกันเป็นเขตเลือกตั้งที่ให้สมาชิกสภาจังหวัดชิบะจำนวน 2 คน ในแง่ของการเมืองระดับชาติ เมืองนี้เป็นส่วนหนึ่งของเขตเลือกตั้งที่ 13 ของจังหวัดชิบะในการเลือกตั้งสภาผู้แทนราษฎรแห่งรัฐสภาญี่ปุ่น